Pour répondre aux missions qu’elle s’est assignées, à savoir enseigner et produire des connaissances à même d’améliorer les conditions d’existence de l’homme, l’Université Protestante au Congo dispose de cinq facultés organisées en départements et de trois centres de recherche.
La Faculté de Théologie
La Faculté de Théologie est la première faculté de notre université. Elle a vu le jour en 1959 et organise ses enseignements en trois cycles (graduat, licence et doctorat) via six départements : celui de la Théologie Systématique, celui de la Théologie Pratique, celui de l’Ancien Testament, celui du Nouveau Testament, celui d’Histoire et celui de la Missiologie. Le cycle de graduat prend trois années, celui de licence deux années et celui de doctorat au moins quatre ans (dont deux années obligatoires de Maîtrise). La faculté organise aussi le Master en Transformation Sociale, MTS en sigle.
La Faculté d’Administration des Affaires et Sciences Economiques
La Faculté d’Administration des Affaires et Sciences Economiques (FASE) est née en 1994 en remplacement de la Faculté des Sciences Humaines. Elle compte deux départements, à savoir : le Département d’Administration des Affaires et le Département des Sciences Economiques. Par ailleurs, la FASE dispose de deux centres de recherche, l’un s’occupe de la Microfinance et l’autre de l’entreprenariat et des Petites et Moyennes Entreprises.
La Faculté de Droit
La Faculté de Droit a vu le jour en 1994 et organise ses enseignements à travers trois départements, le Département de Droit Economique et Social, le Département de Droit Privé et Judiciaire, et le Département de Droit Public.
La Faculté de Médecine
La Faculté de Médecine a vu le jour en 2006. Par-delà son jeune âge, elle jouit d’une bonne réputation au regard du matériel didactique dont elle dispose et de la qualité de son personnel enseignant. Elle figure parmi les Facultés de médecine déclarés viables en RDC
La Faculté des Sciences Informatiques
La Faculté des Sciences Informatiques (FASI),dernier née, elle a été ouverte en 2017. Elle se subdivise en trois départements: le département de Génie Informatique, le département de systèmes Informatiques et le département d’intelligence artificielle.